O Programa Biota/Fapesp tem como foco o estudo da caracterização, conservação e uso sustentável da biodiversidade do Estado de São Paulo. Uma das formas de disseminar o conhecimento adquirido é a produção de sínteses e diagnósticos e a publicação dos resultados de pesquisa.

Coleção Biodiversidade do Estado de São Paulo Publicada em 1999, por iniciativa dos pesquisadores do Estado, procura criar um "marco zero", uma síntese do conhecimento científico sobre a biota paulista.

Banco de dados de Publicações do Programa Biota/Fapesp Catálogo de resumos e referências bibliográficas de artigos, livros, capítulos, dissertações, teses geradas no Programa.

Flora Ficológica do Estado de São Paulo - Volume 5 - Charophyceae RiMa Editora

Estação Ecológica Juréia-Itatins Ambiente Físico, Flora e Fauna 1 Holos Editora

Capa padrão para publicação As publicações geradas por projetos que participam do Programa devem seguir algumas orientações.

revista BIOTA NEOTROPICA Revista eletrônica que publica resultados de pesquisa original, vinculadas ou não ao Programa Biota/Fapesp, que abordem a temática caracterização, conservação e uso sustentável da biodiversidade da região neotropical